清城区所辖行政区划为原清远县境域之一部分。
汉元鼎六年(公元前111年)置县,因境内有中宿峡,故取名为中宿县,属南海郡。
三国,吴甘露元年(公元265年),以桂阳郡南部,立始兴郡,中宿县改属始兴郡。
南北朝,宋太豫元年(公元472年)始兴郡改称广兴郡。齐建元元年(公元479年)复为始兴郡,中宿县属之。梁武帝期间(公元502~549年),置清远郡,辖中宿、威正、廉平、恩洽、浮护等5县,隶于衡州。陈,清远郡属西衡州。
隋,开皇十年(公元590年)平陈,废清远郡及其所属的中宿、威正等5县,置清远县、政宾县,同属南海郡。
唐,武德六年(公元623年)废政宾县并入清远县,属广州都督府辖。
五代南汉以及宋、元、明、清等朝,清远县均属广州府(路)。
民国3年(公元1914年)清远县属粤海道尹(原名广肇罗道);17年,属西区善后委员公署;21年,属中区绥靖委员公署;25年,属第二行政督察区。
新中国成立后,清远县属韶关地区。1983年7月,改隶广州市。
1988年1月7日,国务院批准撤销清远县,设立清远市。原清远县分置清城、清郊(今清新县)两个县级市辖区;1月28日,省政府划定清城区管辖原清远县的清城、附城、洲心3个镇。此后,区内外行政区划先后进行过9次较大调整,至2011年末,清城区下辖凤城、东城、洲心、横荷4街和源潭、石角、飞来峡3镇,2012年4月9日,清远市政府对区划进行调整,龙塘镇正式划归清城区管辖。